蛋白(bái)質相互作用及信号轉導數據庫

蛋白(bái)質相互作用及信号轉導數據庫

1.DIP

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/

相互作用的蛋白(bái)質數據庫(DIP)收集了由實驗驗證的蛋白(bái)質－蛋白(bái)質相互作用。數據庫包括蛋白(bái)質的信息、相互作用的信息和檢測相互作用的實驗技術三個部分(fēn)。用戶可以根據蛋白(bái)質、生(shēng)物(wù)物(wù)種、蛋白(bái)質超家族、關鍵詞、實驗技術或引用文獻來查詢DIP數據庫。

2.BIND

http://www.bind.ca/

生(shēng)物(wù)分(fēn)子相互作用網絡數據庫（BIND）是旨在存儲相互作用，分(fēn)子複合物(wù)和通路的完整描述的數據庫。包括蛋白(bái)質、核酸和小(xiǎo)分(fēn)子組成的任何兩個分(fēn)子間的相互作用，化學反應以及光化學激活和構象改變等。該數據庫能夠被用于研究相互作用網絡，繪制跨分(fēn)類分(fēn)枝的通路，并産生(shēng)動力模拟信息。

3.MINT

Http://cbm.bio.uniroma2.it/mint/

分(fēn)子相互作用數據庫（MINT）存儲了包括蛋白(bái)質、RNA、DNA生(shēng)物(wù)分(fēn)子間相互作用及分(fēn)子酶學修飾的數據庫。可用于查詢實驗驗證的蛋白(bái)質-蛋白(bái)質相互作用，包括直接和間接作用。

4.3DID(3D interacting domains)

http://3did.irbbarcelona.org

http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/

搜集3D結構已知(zhī)的蛋白(bái)質的互作信息，可通過結構域名稱、基序名稱、蛋白(bái)質序列、GO編碼、PDB ID、Pfam編碼進行檢索。

5.DOMINE

http://domine.utdallas.edu

結構域互作數據庫。

6.PiSite(Database of Protein interaction sites)

http://pisite.hgc.jp

以PDB爲基礎，在蛋白(bái)質序列中(zhōng)搜尋互作位點。

7.Binding MOAD

http://www.BindingMOAD.org

緻力于提供蛋白(bái)質-配體(tǐ)晶體(tǐ)結構數據信息。提供結構已知(zhī)的蛋白(bái)質的相關配體(tǐ)，并附有詳細注釋，同時提供由實驗而得的親和力數據。

8.Phospho.ELM

http://phospho.elm.eu.org

蛋白(bái)質磷酸化位點數據庫。

9.STITCH

http://stitch.embl.de/

蛋白(bái)質-化合物(wù)作用網數據庫。

10.UniHI

http://www.unihi.org

人體(tǐ)蛋白(bái)質相互作用數據庫，可根據蛋白(bái)質名稱、代謝路徑等查詢。

11.KEGG

http://www.genome.ad.jp/kegg/

京都基因和基因組百科全書(shū)(KEGG)是系統分(fēn)析基因功能，聯系基因組信息和功能信息的知(zhī)識庫。基因組信息存儲在GENES數據庫裏，包括完整和部分(fēn)測序的基因組序列；更高級的功能信息存儲在PATHWAY數據庫裏，包括圖解的細胞生(shēng)化過程如代謝、膜轉運、信号傳遞、細胞周期，還包括同系保守的子通路等信息；KEGG的另一(yī)個數據庫是LIGAND，包含關于化學物(wù)質、酶分(fēn)子、酶反應等信息。KEGG提供了Java的圖形工(gōng)具來訪問基因組圖譜，比較基因組圖譜和操作表達圖譜，以及其它序列比較、圖形比較和通路計算的工(gōng)具，可以免費(fèi)獲取。

12.PID

http://pid.nci.nih.gov/

由美國國家癌症研究院（NCI）和Nature共同創立，提供已知(zhī)的人體(tǐ)細胞信号轉導、調節活動及主要細胞生(shēng)命過程的蛋白(bái)質路徑網，可通過輸入某個分(fēn)子名或代謝過程名稱進行查詢。

13.Reactome

http://www.reactome.org/

人體(tǐ)生(shēng)命活動路徑與過程數據庫，提供生(shēng)化過程網絡圖，并對參與其中(zhōng)的蛋白(bái)質分(fēn)子詳細注解，與其他數據庫如UniProt、KEGG、OMIM等建立廣泛交叉。

14.SPAD(signaling pathway database)

信号通路數據庫，主要包含啓動胞内信号通路的四種細胞外(wài)信号分(fēn)子，涵蓋生(shēng)長因子、細胞因子、激素和應激等相關通路。

15.CSNDB(cell signaling networks database)

細胞信号網絡數據庫，由日本國立健康科學研究所建立，是人類細胞中(zhōng)信号途徑的數據和知(zhī)識庫。彙編了有關信号傳輸的生(shēng)物(wù)分(fēn)子、序列、結構、功能和生(shēng)物(wù)化學反應，并能夠自動繪圖表示信号途徑。

16.VirHostNet

http://virhostnet.prabi.fr/