蛋白(bái)質組學研究中(zhōng)常用的網站和數據庫

一(yī)、蛋白(bái)質數據庫

1.UniProt (The Universal Protein Resource)

網址：http://www.uniprot.org/

http://www.ebi.ac.uk/uniprot/

簡介：由EBI(歐洲生(shēng)物(wù)信息研究所)、PIR(蛋白(bái)信息資(zī)源)和SIB(瑞士生(shēng)物(wù)信息研究所)合作建立而成，提供詳細的蛋白(bái)質序列、功能信息，如蛋白(bái)質功能描述、結構域結構、轉錄後修飾、修飾位點、變異度、二級結構、三級結構等，同時提供其他數據庫，包括序列數據庫、三維結構數據庫、2-D凝聚電(diàn)泳數據庫、蛋白(bái)質家族數據庫的相應鏈接。

2.PIR(Protein Information Resource)

網址：http://pir.georgetown.edu/

簡介：緻力于提供及時的、高質量、最廣泛的注釋，其下(xià)的數據庫有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，與90多個生(shēng)物(wù)數據庫(蛋白(bái)家族、蛋白(bái)質功能、蛋白(bái)質網絡、蛋白(bái)質互作、基因組等數據庫)存在着交叉應用。

3.BRENDA(enzyme database)

網址：http://www.brenda-enzymes.org

簡介：酶數據庫，提供酶的分(fēn)類、命名法、生(shēng)化反應、專一(yī)性、結構、細胞定位、提取方法、文獻、應用與改造及相關疾病的數據。

4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)

網址：http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html

簡介：哺乳動物(wù)蛋白(bái)複合物(wù)數據庫，提供的數據包括蛋白(bái)複合物(wù)名稱、亞基、功能、相關文獻等。

5.CyBase(cyclic protein database)

網址：http://research1t.imb.uq.edu.au/cybase

簡介：環狀蛋白(bái)數據庫，提供環狀蛋白(bái)的序列、結構等數據，提供環化蛋白(bái)預測服務。

6.DB-PABP

網址：http://pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP/

簡介：聚陰離(lí)子結合蛋白(bái)數據庫。聚陰離(lí)子結合蛋白(bái)與聚陰離(lí)子的互作在胞内定位、運輸、蛋白(bái)質折疊等生(shēng)命過程中(zhōng)起重要作用，此外(wài)許多與神經衰退疾病相關的蛋白(bái)質均爲聚陰離(lí)子結合蛋白(bái)。該數據庫提供已被鑒定的聚陰離(lí)子結合蛋白(bái)的數據，與NCBI蛋白(bái)數據庫存在交叉應用。

7.IUPHAR-DB

網址：http://www.iuphar-db.org

簡介：G蛋白(bái)偶聯受體(tǐ)、離(lí)子通道數據庫。提供這些蛋白(bái)的基因、功能、結構、配體(tǐ)、表達圖譜、信号轉導機制、多樣性等數據。

8.GLIDA

網址：http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/

簡介：G蛋白(bái)偶聯受體(tǐ)-配體(tǐ)數據庫，提供G蛋白(bái)偶聯受體(tǐ)-配體(tǐ)互作數據、配體(tǐ)數據、G蛋白(bái)偶聯受體(tǐ)數據、同源受體(tǐ)關系網、保守識别區，爲新藥發現提供了支持。

9.LOCATE

網址：http://locate.imb.uq.edu.au/

簡介：哺乳動物(wù)蛋白(bái)質亞細胞定位數據庫

10.InterPro

網址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/

簡介：蛋白(bái)質綜合數據庫，從大(dà)量的數據庫中(zhōng)整合而成的包括蛋白(bái)質結構域、蛋白(bái)質家族、功能位點等信息的數據庫。

11.OKCAM

網址：http://okcam.cbi.pku.edu.cn

簡介：人體(tǐ)細胞粘附分(fēn)子數據庫。

二、蛋白(bái)質組數據庫

1.GELBANK

網址：http://gelbank.anl.gov

簡介：提供全基因組的二維凝膠電(diàn)泳圖譜，搜集了已知(zhī)基因組信息生(shēng)物(wù)的蛋白(bái)質組二維凝膠電(diàn)泳圖。可通過描述相對分(fēn)子質量、等電(diàn)點和蛋白(bái)質序列信息進行快速檢索。

2.SWISS-2DPAGE

網址：http://www.expasy.org/ch2d/

簡介：提供人類、小(xiǎo)鼠、大(dà)腸杆菌、釀酒酵母、盤基網柄菌的2D-PAGE參考圖。

3.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)

網址：http://pimp.starflr.info/

簡介：通過質譜技術建立的蛋白(bái)質突變數據庫。當蛋白(bái)質某一(yī)氨基酸殘基發生(shēng)改變時，其質譜圖也會發生(shēng)改變，通過蛋白(bái)質質譜圖的改變，檢測與疾病相關的突變。

4.Sys-BodyFluid

網址：http://www.biosino.org/bodyfluid/

簡介：人體(tǐ)體(tǐ)液蛋白(bái)組研究數據庫。提供人體(tǐ)各種體(tǐ)液的蛋白(bái)質組數據，包括血漿/血清、尿液、乳汁、淚、汗液、唾液、骨髓液、腦脊液、胃液等。

5.BloodExpress

網址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/

簡介：小(xiǎo)鼠造血過程基因表達數據庫。

6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)

網址：http://centrosome.dacya.ucm.es

簡介：人體(tǐ)中(zhōng)心體(tǐ)蛋白(bái)數據庫。

7.ConsensusPathDB

網址：http://cpdb.molgen.mpg.de

簡介：人類功能作用網絡數據庫，與多個數據庫有交叉應用，提供蛋白(bái)質互作、生(shēng)化反應、基因調控等作用網數據。

8.Proteome Analysis Database

網址：http://www.ebiac.uk.proteome/

簡介：蛋白(bái)質組分(fēn)析數據庫。

9.HPRD(Human Protein Reference Database)

網址：http://www.hprd.org/

簡介：人體(tǐ)蛋白(bái)文獻數據庫。

10.NOPdb

網址：http://www.lamondlab.com/NOPdb3.0/

簡介：核仁蛋白(bái)組數據庫。

11.EndoNet

網址：http://endonet.bioinf.med.uni-goettingen.de/

簡介：細胞通訊網絡數據庫，提供激素、激素受體(tǐ)相關信息。

三、蛋白(bái)質互作、蛋白(bái)質網絡數據庫

1.3DID(3D interacting domains)

網址：http://3did.irbbarcelona.org

http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/

簡介：搜集3D結構已知(zhī)的蛋白(bái)質的互作信息，可通過結構域名稱、基序名稱、蛋白(bái)質序列、GO編碼、PDB ID、Pfam編碼進行檢索。

2.DOMINE

網址：http://domine.utdallas.edu

簡介：結構域互作數據庫。

3.PiSite(Database of Protein interaction sites)

網址：http://pisite.hgc.jp

簡介：以PDB爲基礎，在蛋白(bái)質序列中(zhōng)搜尋互作位點。

4.Binding MOAD

網址：http://www.BindingMOAD.org

簡介：緻力于提供蛋白(bái)質-配體(tǐ)晶體(tǐ)結構數據信息。提供結構已知(zhī)的蛋白(bái)質的相關配體(tǐ)，并附有詳細注釋，同時提供由實驗而得的親和力數據。

5.Phospho.ELM

網址：http://phospho.elm.eu.org

簡介：蛋白(bái)質磷酸化位點數據庫。

6.SuperSite

網址：http://bioinformatics.charite.de/supersite

簡介：蛋白(bái)質中(zhōng)代謝物(wù)、藥物(wù)結合位點數據庫，提供結合機制、識别機制、保守結合位點等信息。

7.STITCH

網址：http://stitch.embl.de/

簡介：蛋白(bái)質-化合物(wù)作用網數據庫。

8.Reactome

網址：http://www.reactome.org

簡介：人體(tǐ)生(shēng)命活動路徑與過程數據庫，提供生(shēng)化過程網絡圖，并對參與其中(zhōng)的蛋白(bái)質分(fēn)子有詳細注解，與其他數據庫如UniPort、KEGG、OMIM等建立了廣泛的交叉應用。

9.PID(Pathway Interaction Database)

網址：http://pid.nci.nih.gov

簡介：由NCI和Nature共同創立，提供已知(zhī)的人體(tǐ)細胞信号轉導、調節活動及主要細胞生(shēng)命過的蛋白(bái)質路徑網，可通過輸入某個分(fēn)子名或代謝過程名稱進行查詢。

10.UniHI(Unified Human Interactome database)

網址：http://www.unihi.org

簡介：人體(tǐ)蛋白(bái)-蛋白(bái)相互作用數據庫，可根據蛋白(bái)質名稱、代謝路徑等進行查詢。

11.VirHostNet

網址：http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php

簡介：病毒-宿主分(fēn)子互作網數據庫，提供病毒-宿主蛋白(bái)質互作信息及這些蛋白(bái)質的相關注釋。可通過輸入基因、蛋白(bái)質、路徑等關鍵詞進行查詢。

12.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)

網址：http://bionemo.bioinfo.cnio.es

簡介：搜集與生(shēng)物(wù)降解代謝相關的蛋白(bái)質、基因數據，包括蛋白(bái)質序列、結構域、結構；基因序列、調控元件、轉錄單元等信息。除此之外(wài)還包括生(shēng)物(wù)降解的代謝路徑圖、相關生(shēng)化反應等。

13.PMAP

網址：http://www.proteolysis.org

簡介：蛋白(bái)質水解路徑數據庫

四、蛋白(bái)質三維結構數據庫

1.PDB(Protein Data Bank)

網址：http://www.rcsb.org/pdb

簡介：生(shēng)物(wù)大(dà)分(fēn)子結構數據庫，提供蛋白(bái)質、核酸等生(shēng)物(wù)大(dà)分(fēn)子的三維結構數據、序列詳細信息、生(shēng)化性質等。

2. SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)

網址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/

簡介：高效的蛋白(bái)質結構比對數據庫

五、蛋白(bái)質基序數據庫

1. CDD(Conserved Domain Database)

網址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

簡介：蛋白(bái)質的功能與其結構密切相關，一(yī)個蛋白(bái)質的保守結構域在一(yī)定程度上體(tǐ)現了該蛋白(bái)質的功能。CDD，蛋白(bái)質保守結構域數據庫，收集了大(dà)量保守結構域序列信息和蛋白(bái)質序列信息。檢索者通過CD-Search服務，可獲得蛋白(bái)質序列中(zhōng)所含的保守結構域信息，從而分(fēn)析、預測該蛋白(bái)質的功能。

2.Blocks

網址：http://blocks.fhcrc.org

簡介：蛋白(bái)家族保守區對比數據庫

3.CPDB(database of circular permutation in proteins)

網址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/cpdb

簡介：蛋白(bái)質環形序列重組基序數據庫。蛋白(bái)質的環形序列重組(Circular permutation, or CP)可看作是原來的N與C端被接在一(yī)起，然後在另一(yī)處産生(shēng)新開(kāi)口。 雖然當前已有很多知(zhī)名的蛋白(bái)質家族被發現有CP成員(yuán)，而且也有研究指出蛋白(bái)質結構資(zī)料庫中(zhōng)可能存在着不少CP實例，高效率的CP搜尋工(gōng)具卻很罕見。CPSARST提供了一(yī)套有效的CP搜尋工(gōng)具。

4.MegaMotifbase

網址：http://caps.ncbs.res.in/MegaMotifbase/index.html

簡介：蛋白(bái)質基序家族、超家族數據庫，提供已知(zhī)基序的3D定位圖、轉角距等數據。

5.Minimotif Miner

網址：http://mnm.engr.uconn.edu

簡介：蛋白(bái)質基序檢測數據庫，提供在蛋白(bái)質序列中(zhōng)尋找基序的服務。

6.Pfam

網址：http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam

簡介：提供多序列比對服務和并提供共同的蛋白(bái)質結構域的隐馬爾可夫模型。

六、預測類數據庫

1.InterPreTS(Interaction Prediction through Tertiary Structure)

網址：http://www.russell.embl.de/cgi-bin/interprets2

簡介：提供通過三級結構預測蛋白(bái)質相互作用的服務，可輸入兩個蛋白(bái)質的序列信息進行查詢。

2.Predictome

網址：http://predictome.bu.edu

簡介：預測蛋白(bái)質間功能關系的數據庫。這些蛋白(bái)質間的關系是基于将3種計算機預測法，即染色體(tǐ)相鄰法、系統發育譜法、結構域融合法應用與44個基因組上而得到的。

七、蛋白(bái)磷酸化位點信息數據庫

1.Phospho.ELM/PhosphoBase（http://phospho.elm.eu.org/）

2.PhosphoSite（http://www.phosphosite.org）

PhosphoSitePlus® (PSP) is an online systems biology resource providing comprehensive information and tools for the study of protein post-translational modifications (PTMs) including phosphorylation, ubiquitination, acetylation and methylation. See About PhosphoSite above for more informatio。