長鏈非編碼RNA常用數據庫

1.    lncRNABase

http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php

提供miRNA調控長非編碼RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和環狀RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA調控網絡。構建了最全面的包含了14癌症類型（>6000個樣本）Pan-Cancer（泛癌）表達圖譜和互作網絡。這些調控互作網絡信息是基于高通量的CLIP-Seq實驗數據。2.    LNCipedia

http://www.lncipedia.org

對人類的長鏈非編碼RNA的序列和結構全面的注釋。

3.    ChIPBase

http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

提供長鏈非編碼RNA的表達圖譜和轉錄調控的全面鑒定和注釋。整合了高通量的RNA-seq鑒定的lncRNA及其表達圖譜和ChIP-Seq實驗技術鑒定的轉錄因子結合位點。

4.    lncRNAdb

http://www.lncrnadb.org/

 提供有生(shēng)物(wù)學功能的長鏈非編碼RNA的全面注釋。這是長鏈非編碼RNA研究領域的大(dà)牛John mattick實驗室構建的網站。

5.    LncRNADisease

http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease

提供了文獻報道的疾病相關的長鏈非編碼RNA的注釋。

6.    NONCODE

 http://www.noncode.org

提供對長鏈非編碼RNA的全面注釋，包括表達和該團隊開(kāi)發的ncFANs計算機軟件預測的lncRNA功能。這是非編碼RNA研究的知(zhī)名數據庫，已經更新到第三版。

7.    NRED

http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/

提供人和小(xiǎo)鼠的長鏈非編碼RNA在芯片數據的表達信息。這也是John mattick實驗室構建的網站。

環狀RNA(circular RNA,circRNA)數據庫

1.    circRNABase

http://starbase.sysu.edu.cn/mirCircRNA.php

整合已發表的circRNA數據，構建miRNA與circRNA以及circRNA與RNA結合蛋白(bái)（RBP)的互作網絡。

2.    circBase

http://www.circbase.org/

收集和整合已經發布的circRNA數據構建的數據庫。

3.    circ2Traits

http://gyanxet-beta.com/circdb/

收集與疾病或性狀相關的circRNA數據庫。