一(yī)、microRNA數據庫

1.miRBase

http://www.mirbase.org/

miRBase序列數據庫是一(yī)個提供包括已發表的miRNA序列數據、注釋、預測基因靶标等信息的全方位數據庫，是存儲miRNA信息最主要的公共數據庫之一(yī)。miRBase提供便捷的網上查詢服務，允許用戶使用關鍵詞或序列在線搜索已知(zhī)的miRNA和靶标信息。miRBase設在英國曼徹斯特大(dà)學生(shēng)命科學學院, 由英國研究理事會和威康信托基金會桑格研究所資(zī)助。

2.miRecords

http://mirecords.biolead.org/

動物(wù) miRNA的靶相互作用的數據庫, 包括人工(gōng)收集實驗驗證的, 預測的 miRNA的靶目标. 靶标預測工(gōng)具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS. 美國明尼蘇達大(dà)學。

3.PMRD

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

PMRD是一(yī)個關于植物(wù)microRNA數據庫，包括了microRNA序列和它們的靶基因、二級結構、表達譜、基因組搜索等等，并且該數據庫嘗試着整合大(dà)量的關于植物(wù)microRNA的數據。中(zhōng)國北(běi)京中(zhōng)國農業大(dà)學。

4.CoGeMiR

http://cogemir.tigem.it/

CoGeMiR數據庫總結關于在進化過程中(zhōng)microRNA在不同動物(wù)中(zhōng)的保守性。該數據庫搜集已知(zhī)的和預測的microRNA關于染色體(tǐ)定位、保守性和表達譜方面的信息。意大(dà)利Teletho醫學遺傳研究所。

5.miRWalk

http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

miRWalkis是一(yī)個綜合性數據庫，提供來自人類、小(xiǎo)鼠和大(dà)鼠的miRNA的預測信息和經過驗證的位于其靶基因上的結位點。德國海德堡大(dà)學。

6.TarBase

http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/

TarBase數據庫人工(gōng)搜集了實驗驗證過的miRNA的靶基因，包括在人、小(xiǎo)鼠、果蠅、蠕蟲和斑馬魚中(zhōng)的miRNA的靶基因，區分(fēn)出這些miRNA靶基因中(zhōng)的對的和不對的。希臘瓦爾基紮分(fēn)子腫瘤學研究所。

7.miRGator:http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html

miRGator數據庫是一(yī)個引導對miRNA進行功能闡釋的工(gōng)具。功能分(fēn)析和表達譜結合靶基因預測，可以對miRNA的生(shēng)物(wù)學功能進行推測。韓國漢城梨花女子大(dà)學。

8.miRGen

http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html

miRGen是一(yī)個整合型數據庫,包括：（i）動物(wù)miRNA和基因組元件之間的位置關系；（ii）通過結合廣泛使用的靶基因預測程序得到動物(wù)miRNA靶基因。美國賓夕法尼亞大(dà)學。

9.miRNAMap

http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

miRNAMap數據庫搜集了多個物(wù)種的經過試驗證明的microRNA和miRNA靶基因，其中(zhōng)包括人類的、小(xiǎo)鼠的、大(dà)鼠的以及其他多細胞動物(wù)的基因組。台灣新竹國立交通大(dà)學生(shēng)物(wù)信息學研究所。

10.Vir-Mir

http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi

Vir-Mir數據庫提供預測的病毒miRNA的候選發夾結構序列。台灣台北(běi)中(zhōng)央研究院生(shēng)物(wù)醫學科學研究所.

11.ViTa

http://vita.mbc.nctu.edu.tw/

ViTa數據庫搜集來自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等數據庫的病毒數據，包括了已知(zhī)的病毒的miRNA以及相應的由miRanda和TargetScan預測的宿主miRNA靶基因。ViTa還提供有效的注釋，包括人類miRNA的表達情況，病毒感染的組織等。台灣新竹國立交通大(dà)學生(shēng)物(wù)信息學研究所。

12.ASRP Database

http://asrp.danforthcenter.org/

ASRP網站組織了拟南(nán)芥中(zhōng)的小(xiǎo)RNA的信息，這些小(xiǎo)RNA是通過ASRP或其他實驗室分(fēn)離(lí)得到的。美國俄勒岡州立大(dà)學。

13.miRNApath

http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miRNApath是一(yī)個關于miRNA、靶基因以及代謝通路的的數據庫。巴西聖保羅大(dà)學遺傳學系。

14.miRex

http://miracle.igib.res.in/mirex/

miRex是一(yī)個分(fēn)析microRNA基因表達的在線資(zī)源庫，搜集，整理和分(fēn)析已發表的關于microRNA基因表達的數據，它允許研究者通過數千數據點來分(fēn)析基因表達和提供microRNA基因表達數據的在線保存。印度基因組學和整合生(shēng)物(wù)學研究所。

15.PolymiRTS

http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/

自然産生(shēng)的miRNA的靶标位點DNA變異的數據庫. 美國田納西大(dà)學健康科學中(zhōng)心。

二、microRNA研究軟件

1.SeqBuster

http://seqcluster.readthedocs.org/mirna_annotation.html

a bioinformatic web interface able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for Genomic Regulation (CRG), Pompeu Fabra University, Barcelona, Catalonia, Spain.

2.WMD3

http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi?

WMD3 designs artificial microRNAs (amiRNAs). The 21mer amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of interest in more than 90 plants. From Max Planck Institute for Developmental Biology, 72076 Tübingen, Germany.

3.TargetScan

http://www.targetscan.org/

TargetScan是通過搜索和每條miRNA種子區域匹配的保守的8mer和7mer位點來預測靶基因。美國Whitehead生(shēng)物(wù)醫學研究所信息和研究計算。

4.microRNA.org

http://www.microrna.org/

miRanda數據庫提供了關于人類、果蠅和斑馬魚基因組的microRNA靶目标的預測信息以及miRNA在不同組織的表達譜。美國Memorial Sloan - Kettering癌症中(zhōng)心（MSKCC計算生(shēng)物(wù)學中(zhōng)心）。

5.PicTar

http://www.pictar.org/

icTar是通過一(yī)定計算法則來鑒定microRNA的靶目标的。該可搜索的網站可以提供以下(xià)物(wù)種的關于microRNA靶目标的預測詳細信息，包括：脊椎動物(wù)、七個果蠅種類、三個線蟲種類和人類的非保守但共表達的microRNA的靶目标（例如：表達在同一(yī)組織的microRNA和mRNA）。德國柏林馬克斯德爾布呂中(zhōng)心和紐約大(dà)學比較功能基因組學Rajewsky實驗室。

6.RNAhybrid

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

RNAhybrid是一(yī)種用于尋找一(yī)條長鏈RNA和一(yī)條短鏈RNA的最小(xiǎo)配對自由能的工(gōng)具，是通過一(yī)種域碼來實現的。例如一(yī)條短鏈序列結合到長鏈的最佳位置上。該工(gōng)具主要作爲microRNA靶基因預測用.德國Bielefeld大(dà)學。

7.microInspector

http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/

microInspector提供miRNA結合位點的預測。 希臘伊拉克利翁分(fēn)子生(shēng)物(wù)學和生(shēng)物(wù)技術研究所和保加利亞普羅夫迪夫大(dà)學。

8.TripletSVM

http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/

TripletSVM是一(yī)個用于預測一(yī)個具有發夾結構的被查詢序列是否是一(yī)個真正的miRNA前體(tǐ)物(wù)的程序. 中(zhōng)國北(běi)京清華大(dà)學。

三、microRNA功能和作用網站

TransmiR

http://cmbi.bjmu.edu.cn/transmir

TransmiR是關于轉錄因子的microRNA調節的數據庫，對于用于學術研究室免費(fèi)的。中(zhōng)國北(běi)京大(dà)學。

miR2Disease

http://www.mir2disease.org/

miR2Disease數據庫是一(yī)個人工(gōng)注釋的數據庫，主要收錄的是與人類疾病相關的microRNA信息. 中(zhōng)國哈爾濱工(gōng)學院。

S-MED

http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php

S-MED（肉瘤microRNA表達數據庫）是一(yī)個存儲miRNA表達譜的數據庫，這些miRNA是在多種人的肉瘤中(zhōng)以及一(yī)些選擇的正常組織中(zhōng)發現的。美國明尼蘇達大(dà)學。

四、MicroRNA靶基因預測網站鏈接